针对重大传染病（如乙型肝炎、艾滋病）、新发传染病（如新冠）、陕西省常见高发传染病（如肾综合症出血热），采用现场流行病学、数学建模、人工智能、卫生经济学评价等方法开展病因和流行因素研究、监测预警研究、流行规律和预测研究、干预措施人群效果和成本效果评价研究。
发挥医理学科交叉优势，为国家重大和新发传染病防控策略制定提供科学依据。传染病重大专项乙肝防治课题关于我国新生儿乙肝疫苗10微克替代5微克接种的成本效果分析研究成果被国家疾控中心采纳，作为调整我国新生儿乙肝疫苗接种剂量的核心依据；关于我国乙肝流行规律长期预测的研究成果被国家疾控中心采纳，作为制定我国乙肝防控目标的核心依据。传染病重大专项艾滋病防治课题针对艾滋病耐药疫情发展趋势、预测预警开展数学建模研究，发现治疗中断和依从性等因素对疫情流行趋势的关键作用并提出暴露前预防的经济有效性，被《人民日报（健康版）》引用，并有系列研究成果发表在Lancet Infectious Diseases、Lancet Global Health、Lancet HIV、Journal of Infection, Journal of Medical Virology, Diabetologia, International Journal of Infectious Diseases、Genetics in Medicine、Clinical Infectious Diseases等国际高影响力杂志。提出国产HPV疫苗在我国适龄女性普遍接种的经济有效性，同时被中国医学科学院评选为中国2020年度重要医学进展（卫生健康与环境领域）之一。评价发展中国家艾滋病、乙肝和梅毒联合母婴阻断策略的成本效果，被WHO借鉴。提出中国乙肝筛查策略的经济有效性，被Lancet选为热点论文。
支援国家、地方重大传染病疫情防控，充分发挥智库作用。西安交大传染病预防控制所运用大数据技术搭建疫情传播模型，对疫情防控进行评估和预测，该成果被《科技日报》报道。参加国家疾控中心疫情预测研究工作，多次提交分析报告，据此发表武汉封城效果和解封条件的论文，在武汉解封当日作者接受CCTV专访。
